José Linhares iniciou seus estudos em Guaramiranga/CE e fez o secundário no Liceu do Ceará. Em 1903, matriculou-se na Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro.

Após transferir-se para Pernambuco, abandonou os estudos de medicina e matriculou-se, em 1904, no curso de Ciências Jurídicas e Sociais da  Faculdade de Direito de Recife.

Concluiu o curso na Escola de São Paulo, em novembro de 1908.

José Linhares fixou residência e exerceu a advocacia no Rio de Janeiro. Assumiu os cargos de representante da Fazenda Nacional, nos processos de desapropriação de obras de portos, e de procurador dos patrimônios dos estabelecimentos a cargo do Ministério da Justiça e Negócios Interiores.

Classificado em dois concursos para o cargo de pretor criminal da Justiça do Distrito Federal, foi nomeado, em 29 de janeiro de 1913, juiz da 2ª Pretoria Criminal. Assumiu mais tarde a 7ª Pretoria Cível e, em seguida, a 1ª Pretoria Cível.

Em 9 de julho de 1928, foi promovido a juiz de Direito da 5ª Vara Criminal. O decreto de 30 de março de 1931 o nomeou desembargador da Corte de Apelação.

Nomeado ministro do Supremo Tribunal Federal (STF), em decreto de 16 de dezembro de 1937, José Linhares preencheu a vaga de Ataulpho Napoles de Paiva.

Durante quatro anos atuou como desembargador no Tribunal Superior da Justiça Eleitoral.

Foi membro titular da Sociedade Brasileira de Direito Internacional e de outras sociedades científicas nacionais e estrangeiras.

Foi nomeado vice-presidente do STF pelo então Presidente da República Getúlio Vargas (Decreto-Lei n° 2.770, de 11 de novembro de 1940).

Em 1945, presidiu a comissão que elaborou a nova legislação eleitoral brasileira, que era integrada pelos desembargadores Lafayette de Andrada e Vicente Piragibe, pelo professor Hahnemann Guimarães e pelo jurista Miranda Valverde.

Com a aposentadoria do Ministro Eduardo Espínola, ascendeu à Presidência do STF, em 26 de maio de 1945, nomeado pelo presidente da República.

Atendendo às disposições contidas na Lei Constitucional n° 9/1945, e no art. 7°, n° 1, do Decreto-Lei n° 7.586/1945, passou a presidir também o Tribunal Superior Eleitoral (TSE).

Providenciou a instalação do TSE no antigo Palácio Monroe, no Rio de Janeiro, em 1° de junho de 1945.

Presidência da República

Com a deposição do Presidente Getúlio Vargas pelas Forças Armadas, José Linhares assumiu, como chefe do Poder Judiciário, a Presidência da República, em 30 de outubro de 1945. Permaneceu no cargo até 31 de janeiro de 1946.

Como presidente da República, buscou preservar a ordem e a normalidade da administração do país. Presidiu, com imparcialidade, as eleições para os cargos de presidente, deputados e senadores da nova Assembleia Constituinte – já decretada pelo ex-presidente Getúlio Vargas.

Tomou importantes iniciativas de ordem administrativa. Combateu a inflação e reestruturou órgãos da administração pública. Uma de suas maiores realizações foi a criação do Fundo Rodoviário Nacional.

Diversas medidas corrigiram abusos do Estado Novo, a legislação aduaneira foi modificada, para permitir que os jornais importassem papel com isenção de impostos, o que havia sido proibido em 1937 e constituía elemento de controle da imprensa.

Após exercer a Presidência da República (1945-1946) retornou ao STF, onde, em 2 de fevereiro de 1946, foi eleito presidente para o triênio 1946-1949.

Eleito novamente presidente da Corte, em 2 de maio de 1951, foi empossado na mesma data, e reeleito em 28 de abril de 1954.

Permaneceu no cargo até sua aposentadoria, em 28 de janeiro de 1956. Em sessão do dia 30 do mesmo mês, foi homenageado pelo STF.

Após sua morte, em 1957, sua memória foi reverenciada em sessão do STF no dia 28 de janeiro daquele ano. O centenário de nascimento de José Linhares foi comemorado em sessão do STF de 5 de março de 1986.

A atuação de José Linhares como presidente da República se notabilizou pela defesa da Justiça brasileira e dos direitos dos cidadãos.

Por meio do Decreto-Lei n° 8.561, publicado em 4 de janeiro de 1946, Linhares revogou o Decreto-Lei n° 2.770. Com isso, restaurou a prerrogativa institucional do próprio Supremo Tribunal Federal de eleger seus presidente e vice-presidente.

Com a Lei Constitucional n° 12, de 7 de novembro de 1945, revogou o art. 177 da Carta de 1937, dispositivo arbitrário que previa a aposentaria dos funcionários civis e a reforma dos militares “cujo afastamento se impuser, a juízo exclusivo do Governo, no interesse do serviço público ou por conveniência do regime”.

Linhares também extinguiu o Tribunal de Segurança Nacional (TSN), com a Lei Constitucional n° 14, de 17 de novembro de 1945.

Instituído em 1936 e subordinado à Justiça Militar, esse tribunal era composto por juízes escolhidos pelo presidente da República e deveria ser ativado quando o país estivesse sob estado de guerra.

Durante o Estado Novo, o TSN deixou de ser subordinado ao Superior Tribunal Militar e passou a ter jurisdição autônoma, passando a julgar todos os que se opunham ao governo. Entre setembro de 1936 e dezembro de 1937, 1.420 pessoas foram sentenciadas.